En el marco de la conmemoración del primer centenario de la Independencia de Chile (1810-1910), se contempló la construcción de un edificio destinado a la instalación de la Biblioteca Nacional, del Museo Histórico y del Archivo General de la Nación.

A través de la Ley N° 2.754 del 30 de enero de 1913, el Presidente de la República Ramón Barros Luco fue autorizado para adquirir el Monasterio de Santa Clara, en cuyo terreno se edificaría el inmueble.

El convento y templo de las Monjas Clarisas, religiosas de vida franciscana, estaba ubicado en la Alameda de la Delicias, actual manzana comprendida entre las calles Avenida Libertador Bernardo O'Higgins, Mac Iver, Moneda y Miraflores.

El diseño del edificio -aprobado por el Consejo de Obras Públicas de la época- fue del arquitecto Gustavo García del Postigo. Mientras que las obras fueron ejecutadas por el ingeniero civil Adolfo Wainer Müller y la Maestranza Santa Elena.

Adolfo Weiner nació en Swirsk, provincia de Vilna Rusia, en el año 1883, llegando a Chile el año de 1910, a la edad de 27 años. Entre otros trabajos realizados, como contratista general de obras de construcción, destacan la Bolsa de Comercio, el Hospital de Niños Manual Arriarán y la Escuela Salvador Sanfuentes.

La primera piedra fue colocada el 23 de agosto de 1913, con la asistencia del Presidente de la República. Originalmente el plan de construcción constaba de un grupo de edificaciones en forma de cruz de Malta, con cuatro fachadas armónicas que daban hacia las calles colindantes.

El conjunto comprendía cinco pabellones independientes, pero comunicados entre sí: el central y los de Alameda y Moneda, destinados a la Biblioteca Nacional; el de Miraflores, al Museo Histórico; y el de Mac Iver al Archivo Nacional, obra que nunca llegó a construirse.

En el año 1934, transcurridos más de 20 años, desde la promulgación de la ley que autorizó la adquisición de los terrenos, el Archivo Nacional aún no contaba con un espacio propio para recibir y almacenar adecuadamente la gran cantidad de documentación, emitidas desde los distintos Ministerios de Estado. Sólo la Biblioteca Nacional y el Museo Histórico se situaron en el edificio del perímetro de la Alameda, Mac Iver, Moneda y Miraflores, mientras que el Archivo Nacional quedó relegado a la sala de periódicos de la Biblioteca Nacional.

El año 1939, culmina la construcción del ala oriente del edificio, que da a la calle Miraflores, donde se instaló el Museo Histórico Nacional.

Debido al crecido volumen de documentos reunidos con el pasar de los años, las autoridades se vieron obligadas a traspasar el Archivo Nacional a las dependencias donde funcionaba el Museo Histórico, en el mes de junio de 1982.

De esta manera, el Archivo Nacional fue instalado en el lugar que actualmente ocupa, frente al Cerro Santa Lucía y a un costado de la Biblioteca Nacional, reuniendo en una cuadra el patrimonio documental e histórico que posee el país.

El edificio fue declarado Monumento Histórico, por decreto N° 444 de 21 de noviembre de 1991.